A SeKA-azonosítórendszer az adatokat védett, központi címtárban tárolja. A címtár adataihoz közvetlenül nem, csak az erre a célra szolgáló alkalmazásokon keresztül lehet hozzájutni, ezek használatához viszont felhasználóazonosításra van szükség. Így biztosítható, hogy mindenki csak azokat az adatokat érje el, amihez joga van, vagy eleve publikusak. A címtár által tárolt adatok részben más egyetemi adatbázisokból (pl. Neptun), részben maguktól a felhasználóktól származnak.

A jelszavak kódoltan vannak tárolva, így azokat senki, a szolgáltatást üzemeltető rendszergazda sem tudja elolvasni. A jelszavakat sem a címtár, sem a SeKA-azonosítórendszer semmilyen körülmények között nem adja ki másik alkalmazásnak.

A felhasználó és a gépek, valamint a SeKA-rendszert alkotó számítógépek közötti kommunikáció kódolt, digitálisan aláírt üzenetekkel történik, így mind az adatbiztonság, mind pedig a szolgáltatás biztonsága igen magas szintű.

A rendszer az NIIF felügyelete mellett, a hazai felsőoktatási szféra EduID nevű föderációs struktúrájában üzemel. A címtár adatait harmadik félnek nem adjuk ki, kivéve az EduID föderáció keretei között: ha valamelyik felhasználónk egy olyan – egyetemünkön kívüli – számítógépes szolgáltatásba kíván belépni, amit egy EduID tagintézmény üzemeltet, akkor azokat az adatokat, amik a bejelentkezéshez elengededhetetlenül szükségesek, átadjuk a külső rendszer számára. Ezen adatok között azonban soha nem szerepel a felhasználó jelszava, vagy más személyes jellegű adata.

A SeKA-azonosítót üzemeltető Oktatásfejlesztési, -módszertani és -szervezési Központ adatkezelési tájékoztatója elérhető az alábbi linken.